Pokemon - Blaue Edition

Das Spiel beginnt in Alabastia, einem kleinen Dorf im Südwesten Kantos. Die Spielfigur und dessen Kindheitsfreund übernehmen die Rollen des Protagonisten und des Rivalen, als sie am selben Tag zu einer großen Reise aufbrechen.

Der Protagonist wird von Professor Eich zurückgerufen, als er das hohe Gras betreten will. Im Labor des Professors werden dem Protagonisten und dem Rivalen drei Pokébälle, in denen sich die Starter-Pokémon befinden, gezeigt. Nachdem der Protagonist eines von ihnen gewählt hat, sucht sich der Rivale das taktisch überlegene Pokémon aus und fordert den Protagonisten sofort zu einem Kampf heraus. Nach diesem Kampf bittet der Professor den Protagonisten um einen Gefallen. Dieser reist daraufhin nach Vertania City, wo er ein Paket für den Professor abholen soll. Auf dem Weg in diese Stadt bestreitet er erste Kämpfe gegen Trainer und wilde Pokémon. Wieder zurück in Alabastia überreicht Professor Eich den beiden rivalisierenden Protagonisten den Pokédex, eine Maschine, mit der man Daten sämtlicher Pokémon registrieren kann. Nun ist der Protagonist bereit für das Abenteuer, in dem er viele Kämpfe bestreiten, den Pokédex durch das Fangen von Pokémon füllen und natürlich Freundschaft zu seinen Pokémon aufbauen wird.

In Vertania City lernt der Protagonist vieles über Pokémon-Center und Pokémon-Märkte sowie das Fangen von Pokémon. Seine Reise führt ihn in die Stadt nördlich des Vertania-Waldes, Marmoria City. Dort tritt er gegen den ersten der acht Arenaleiter, Rocko, an. Die größte Herausforderung für einen Pokémon-Trainer ist es nämlich, alle acht Arenaleiter und anschließend die Top Vier zu besiegen, um als der beste Trainer zu gelten. Östlich von Marmoria City liegt der Mondberg, in dem der Protagonist ein Fossil entdeckt und zum ersten Mal auf Mitglieder von Team Rocket, einer Verbrecherorganisation, trifft. Nach dem Sieg über diese zwielichtigen Trainer und dem Verlassen des Mondberges gelangt der Protagonist nach Azuria City, wo er die nächste Arenaleiterin, Misty, herausfordert. Auf der nahegelegenen Route 25 steht ein Haus, in dem sich ein sprechendes Pokémon befindet, welches in Wirklichkeit ein Mensch namens Bill ist. Nachdem er seine wahre Gestalt zurückerhalten hat, schenkt er dem Protagonisten ein Bootsticket für ein Schiff.

Im Hafen von Orania City betritt der Protagonist das Schiff M.S. Anne, auf dem er den Kapitän finden und sich darüber hinaus mit seinem Rivalen messen muss. Nach der Rundfahrt auf dem Schiff kämpft der Protagonist gegen Arenaleiter Major Bob. Nach dem Sieg über ihn wandert der Protagonist durch den Felstunnel zur nächsten Stadt namens Lavandia, und von dort aus nach Prismania City. Er findet heraus, dass Team Rocket eine versteckte Basis unter der örtlichen Spielhalle besitzt. Nach etlichen Kämpfen gegen Mitglieder dieser Organisation gelangt er zu deren Anführer Giovanni, der sich nach einem harten Kampf geschlagen geben muss. Er hinterlässt einen Gegenstand, das Silph Scope, und verschwindet dann spurlos. Der Protagonist ist jetzt bereit für einen Kampf gegen die Arenaleiterin Erika.

Das Silph Scope verwendet der Protagonist anschließend im Geisterturm von Lavandia. Mithilfe dieses Gerätes können nämlich Geister identifiziert werden. Das im Turm spukende Pokémon Knogga beruhigt sich dadurch und findet seine Ruhe. Als Belohnung für diesen Dienst erhält der Protagonist die Pokéflöte, mit der er das schlafende Relaxo, das den Weg nach Fuchsania City versperrt, wecken kann. In dieser Stadt tritt er danach gegen Arenaleiter Koga an, und in Saffronia City kämpft er gegen Arenaleiterin Sabrina. Das hier befindliche Gebäude des Unternehmens Silph Co. wird von Team Rocket besetzt. Die Schurken planen, den Meisterball, einen Pokéball, der jedes Pokémon fangen kann, egal wie mächtig es auch sein mag, zu stehlen. Nach einem weiteren harten Kampf mit Giovanni, dem Anführer des Teams, schwört dieser Rache.

Nach diesen Ereignissen begibt sich der Protagonist zu den Seeschauminseln und von dort aus zur Zinnoberinsel, auf der der vorletzte Arenaleiter, Pyro, auf einen Kampf wartet. Im sich hier befindlichen Pokémon-Haus, einem abgebrannten Gebäude, sammelt der Protagonist Informationen über ein Pokémon namens Mew, das aus alten Überresten geklont wurde und anschließend ein Junges gebar. Dieses junge Pokémon mit dem Namen Mewtu gilt als das mächtigste unter allen Arten und hat diese Insel in Schutt und Asche gelegt. Den letzten Arenaleiter fordert der Protagonist in Vertania City heraus. Es ist Giovanni, der Anführer von Team Rocket, der nach der finalen Niederlage seine Pläne aufgibt und von der Bildfläche verschwindet.

Mit allen acht Orden in der Tasche reist der Protagonist zur Pokémon-Liga. Dort tritt er gegen die Top Vier an. Nach dem Sieg gegen diese starken Trainer muss sich der Protagonist ein letztes Mal gegen seinen Rivalen, der es kurz vor ihm geschafft hat, Champ zu werden, kämpfen. Auch diesen letzten Kampf gewinnt der Protagonist, und somit hat er sein Ziel, der stärkste Pokémon-Trainer zu werden, erfüllt.